خلال العام 2016 استمرت السلطات المصرية في ذات المسار التقليدي المبني على القمع وانتهاج كافة ألوان الانتهاكات الحقوقية على مختلف الأصعدة.
بحسب عملية الرصد لحالات القتل خارج إطار القانون فقد بلغ عدد القتلى خلال فترة رصد هذا التقرير 161 شخصا، في مختلف المحافظات المصرية عدا سيناء، حيث قضى 122 محتجزاً داخل مقار الاحتجاز المصرية المختلفة، منهم 10 محتجزاً قتلوا جراء التعذيب على أيدي بعض أفراد الأمن داخل مقار احتجازهم، و103 محتجزاً توفوا نتيجة تعريضهم للإهمال الطبي المتعمد في ظل ظروف وأوضاع احتجاز سيئة وغير آدمية، بالإضافة إلى 9 محتجزين توفوا بسبب الفساد المتفشي في إدارات مقار الاحتجاز.
بالإضافة إلى 30 شخصا تمت تصفيتهم أثناء عمليات القبض عليهم حيث كانوا مطلوبين على خلفية قضايا متعلقة بمعارضة السلطات، وتوافرت أدلة واضحة في تلك الحالات تؤكد كذب رواية السلطة حول مقتلهم حيث ادعت أنها تمت خلال عمليات اشتباك مسلح، كما قتل 4 أشخاص على يد أفراد أمن إثر خلافات شخصية نشبت بينهم.
وفقاً لعمليات رصد كمي لحالات الاعتقال على خلفية سياسية بلغ عدد الذين تعرضوا للاعتقال التعسفي خلال العام 2016 – 5083 شخصاً، من بين أولئك المعتقلين بلغ عدد القصر الذين تعرضوا للاعتقال 206 قاصراً، بينما بلغ عدد النساء 103 امرأة.
وكعادة السلطات الأمنية في مصر فقد تعرض معظم هؤلاء المعتقلون للاختفاء القسري لمدة تزيد عن 24 ساعة على الأقل، بينما استمر تعريض بعضهم للاختفاء القسري حتى الآن.
على صعيد الأحكام القضائية صدرت أحكام قضائية في 659 قضية على خلفية معارضة السلطات أمام دوائر جنح وجنايات مدنية وعسكرية، حيث تم الحكم في 573 قضية مدنية، بينما تم الحكم في 86 قضية عسكرية.
وبلغ عدد الأشخاص الذين شملتهم تلك المحاكمات 8560 شخصاً، منهم 115 قاصر، وقد تم تبرئة 1984 من هؤلاء المحكومين، أي 28.2% من إجمالي عددهم الكلي، بينما حُكم على 6576 بأحكام إدانة مختلفة، أي بنسبة 71.8%، حيث تم الحكم بالسجن المؤبد على 2002 شخصاً، وحكم بالسجن المشدد أكثر من 5 سنوات على 2060 شخصاً، وحكم بالسجن من 3 سنوات وحتى 5 سنوات على 1405، وحكم بالحبس من شهر وحتى أقل من 3 سنوات على 927 شخصاً، بينما تم الحكم بالغرامة المالية بمبالغ تراوحت بين ألف جنيهاً و100 ألف جنيهاً على 131 شخصاً، وحكم على 15 شخصاً بأحكام أخرى، بالإضافة إلى الحكم بإعدام 36 شخصاً.
بتاريخ 10 ديسمبر\كانون الأول 2016 أيدت محكمة النقض، حكم الإعدام الصادر ضد عادل محمد إبراهيم الشهير بحباره (41) و بتاريخ 15 ديسمبر\كانون الأول 2016 تم تنفيذ الحكم بحقه.
في عام 2016 لم تتوقف الأجهزة الأمنية عن ملاحقة الصحفيين ففي الأول من مايو من العام 2016 وفي سابقة هي الأولى من نوعها على الإطلاق اقتحمت قوات الأمن المصرية نقابة الصحفيين بوسط القاهرة وقامت بالاعتداء على الصحفيين داخلها وألقت القبض على اثنين منهم وهما عمرو بدر ومحمود السقا لمشاركتهما في الاحتجاج ضد اعتراف مصر بتبعية جزيرتي تيران وصنافير للسعودية، ثم في 19نوفمبر من ذات العام صدر الحكم لأول مرة بحبس نقيب الصحفيين يحيى قلاش وعضوي مجلس إدارة النقابة جمال عبد الرحيم وخالد البلشي سنتين لكل منهم، وكفالة ١٠ آلاف جنيه، في اتهامهم بإيواء مطلوبين أمنيًا داخل مبنى النقابة.
ومنذ الثالث من يوليو/ تموز 2013 تعرض أكثر من 200 صحفي للاعتقال في مصر، أطلق سراح بعضهم بينما يستمر احتجاز 104 صحفيا على الأقل حتى الآن، وصدرت أجكام مختلفة بحق بعضهم منهم 3 صحفيين حكموا بالإعدام بالإضافة إلى إغلاق ومصادرة كل الصحف والقنوات الإعلامية أو المكاتب الصحفية التي لا تسير على هوى النظام .
وفق عملية رصد كمي لآثار عمليات الجيش الأمنية في سيناء خلال فترة الرصد خلال العام 2016، وبحسب الرواية الأمنية فقد بلغ عدد القتلى من المدنيين 1103، منهم 1005 شخصا قتلوا نتيجة مواجهات أمنية، والبقية والبالغ عددهم 98 قتلوا بصورة عشوائية، بالإضافة إلى اعتقال 1616 شخصاً، منهم 298 أعلن المتحدث الرسمي للقوات المسلحة أنهم مطلوبون أمنياً، بينما اعتقل 1318 شخصاً بدعوى الاشتباه.