منذ أحداث الثالث من يوليو/تموز 2013 دخلت مصر مرحلة غير مسبوقة من انتهاكات حقوق الإنسان، حيث شنت الأجهزة الأمنية تحت قيادة الجنرال عبد الفتاح السيسي حملة قمع ممنهجة ضد معارضي عزل الرئيس السابق محمد مرسي، ثم توسعت حملة القمع تلك لتشمل كافة النشطاء والسياسيين والإعلاميين الذين لم يتماهوا مع الجرائم المتكررة التي يرتكبها النظام.
خلال ست سنوات قتلت الأجهزة الأمنية 3185 شخصاً خارج إطار القانون، سقط هذا الكم من القتلى في مختلف المحافظات المصرية عدا سيناء والتي سيرد ذكرها مستقلا، من بين القتلى 2194 شخصاً قتلوا نتيجة الاعتداءات الأمنية على تجمعات سلمية أبرزها فض اعتصامي رابعة والنهضة بتاريخ 14/8/2013، كما قضى 766 شخصا داخل مقار الاحتجاز المختلفة، بينهم 122 شخص قتلوا جراء تعرضهم للتعذيب، 516 شخص توفوا نتيجة الإهمال الطبي، 37 نتيجة التكدس وسوء أوضاع الاحتجاز، 91 نتيجة فساد إدارات مقار الاحتجاز.
خلال الفترة المشار إليها استخدم النظام المصري عمليات الاعتقال التعسفي الموسعة لقمع المعارضة ووأد أي فرصة لحرية الرأي والتعبير، وفقاً لعمليات الرصد الكمي لعمليات الاعتقال التعسفي في مصر، فقد بلغ عدد الذين تعرضوا للاعتقال التعسفي منذ الثالث من يوليو/ تموز حوالي 63032 شخصاً، بينهم 691 امرأة، 1161 قاصراً.
وكعادة السلطات الأمنية في مصر فقد تعرض معظم هؤلاء المعتقلون للاختفاء القسري لمدد متفاوتة، ووفق شكاوى تلقتها المنظمة العربية لحقوق الإنسان في بريطانيا فقد قام أسر أولئك المختفين قسرياً بإرسال العديد من التلغرافات والبلاغات للنائب العام ووزير الداخلية مطالبين إياهم بإجلاء مصير ذويهم، إلا أن النيابة العامة بصفتها المسؤولة عن تحريك الدعوى الجنائية امتنعت عن فتح أي تحقيق في أي من تلك البلاغات.
ولغرض طمس الحقيقة استهدف النظام الصحفيين ووسائل الإعلام المختلفة دون توقف منذ الثالث من يوليو/تموز 2013 حيث أغلق النظام المصري أكثر من 20 وسيلة إعلامية من القنوات الفضائية والصحف، وأوقف العديد من الإعلاميين والكتاب عن الكتابة والنشر، وقام بترحيل عدد من الصحفيين واقتحم نقابة الصحفيين واختطف صحفيين لجأوا إليها ولفق تهما مفبركة لنقيب الصحفيين، وخلال ست سنوات تعرض 11 صحفياً للقتل، واعتقل أكثر من 250 صحفيا لايزال 29 منهم رهن الاعتقال حتى الآن، هذا بالإضافة إلى إدراج أكثر من 45 صحافياً وإعلامياً على قوائم الإرهاب، بالإضافة إلى قيام الحكومة المصرية بحجب 535 موقعاً إخباريا وصحفيا.
جلسات محاكمات المعتقلين على خلفية القضايا المتعلقة بمعارضة السلطات بعد أحداث الثالث من يوليو/تموز 2013 وحتى الآن افتقرت إلى أدنى معايير المحاكمات العادلة، إذ تم الحكم في 2638 قضية ذات خلفية سياسية متعلقة بمعارضة النظام، وقد صدرت تلك الأحكام من دوائر جنح وجنايات مدنية وعسكرية، حيث تم الحكم في 2368 قضية مدنية، بينما تم الحكم في 270 قضية عسكرية.
وتوزعت أحكام الإدانة على المتهمين كالتالي حيث تم الحكم بالسجن المؤبد على 7246 شخصاً أي بنسبة 26 % من إجمالي أحكام الإدانة، وحكم بالسجن المشدد أكثر من 5 سنوات وحتى 15 سنة على 7965 شخصاً أي بنسبة 28 % من إجمالي أحكام الإدانة، وحكم بالسجن من 3 سنوات وحتى 5 سنوات على 4892 أي ما يقارب 17 % من إجمالي أحكام الإدانة، وحكم بالحبس من شهر وحتى أقل من 3 سنوات على 6650 شخصاً أي بنسبة 23 % من إجمالي أحكام الإدانة، بينما تم الحكم بالغرامة المالية بمبالغ تراوحت بين ألف جنيهاً و100 ألف جنيهاً على 451 شخصاً أي بنسبة 2 % من إجمالي أحكام الإدانة، بالإضافة إلى التصديق على الحكم بإعدام 1173 شخصاً أي بنسبة 4 % من إجمالي أحكام الإدانة، والتي بلغ عددها 28377.
فيما يتعلق بأحكام الإعدام في مصر، أحال القضاء المصري المدني والعسكري أوراق 2261 شخصاً إلى المفتي، وتم تثبيت حكم الإعدام على 1173 منهم في 94 قضية مختلفة، منها 16 قضايا نُظرت أمام دوائر عسكرية، من بين تلك الأحكام استنفد 128 شخصا كافة درجات الطعن لتصير الأحكام نهائية واجبة النفاذ بحقهم، قامت السلطات المصرية بتنفيذ حكم الإعدام بحق 45 متهما بالفعل، بينما ينتظر 83 متهماً تنفيذ حكم الإعدام بحقهم في أي وقت.
وفق لعملية رصد لآثار عمليات الجيش الأمنية في سيناء خلال فترة الرصد ووفق متابعة لكافة التصريحات والبيانات الرسمية الصادرة عن القوات المسلحة المصرية، وما تم رصده من قبل نشطاء ذوي مصداقية فقد بلغ عدد القتلى من المدنيين منذ الثالث من يوليو/ تموز 2013 حوالي 4441 شخصا، منهم 4093 شخصا قال عنهم الجيش أنهم قتلوا نتيجة مواجهات أمنية، والبقية اعترف الجيش المصري أنهم قتلوا بصورة عشوائية.
وفي ذات الفترة بلغ عدد معتقلي سيناء 11674 شخصاً، من بينهم 3010 أعلن المتحدث الرسمي للقوات المسلحة المصرية أنهم مطلوبون أمنياً، بينما تم اعتقال 8664 شخصاً بدعوى الاشتباه.
كما تم الإعلان رسميا عن حرق 4490 دراجة بخارية و 2093 عربة خلال فترة رصد التقرير، كما تم الإعلان عن حرق وتدمير مئات المنازل والعشش الخاصة بأهالي محافظة سيناء، حيث بلغ عدد المنازل التي تم حرقها وتدميرها خلال فترة عمل هذا التقرير 262 منزلاً، بينما تم الإعلان عن حرق وتدمير 2914 عشة، هذا بالإضافة إلى تجريف 355 مزرعة و 279 فداناً.
من الجدير بالذكر أن المنازل والعشش التي تم الإشارة إلى حرقها وتدميرها، كانت خارج الشريط الحدودي مع غزة، والذي قامت الحكومة المصرية بإصدار قرارات بإخلائه، وذلك بتهجير سكان تلك المنطقة من منازلهم وهدمها، تمهيدا لإقامة منطقة عازلة على الحدود مع غزة، حيث تمت عملية الإخلاء على ثلاثة مراحل بدءً من أكتوبر/تشرين الأول 2014، تم فيها هدم وتدمير3101 منزلاً، يقطنها أكثر من 3200 عائلة (14000 شخص تقريبا).